對于鐵屑脫油機來說，市場慣用的消毒清菌方法有沖洗、加熱、噴霧、紫外線等方式，但結合操作強度以及具體的去菌效果來看，其中沖洗、加熱當屬為便捷省力且消毒效果較好的。

　　關于沖洗消毒就是指采用高壓水槍又能或者其它的沖洗設備對鐵屑脫油機內筒進行沖洗，達到去除內筒異物細菌的消毒清菌效果。關于加熱消毒就是指向鐵屑脫油機內筒中注入熱水進行內筒的燙洗、高溫消毒。

　　同時我們也可采用將鐵屑脫油機排水口堵死，然后向其中注入定量的清水，并加入相應的內筒清洗去污劑，并保證30分鐘以上的浸泡時間(對于帶有轉速調整功能的鐵屑脫油機來說，我們可將轉速調至低速，然后開啟機器，保證機器低速旋轉數分鐘)，然后排出污水，并注入清水，反復多次，直至完全去除筒內異物細菌。

　　需要提醒的是不論是采用哪種消毒清菌方式，我們都應該采用干燥抹布對鐵屑脫油機的內筒進行擦拭，保證干燥性，對帶有機蓋的還需打開機蓋讓其自然風干。